空氣潔凈度100000級及高于100000級的空氣凈化處理，應采用初效、中效、高效過濾器三級過濾。對于 100000 級空氣凈化處理，也可采用亞空氣過濾器代替高效過濾器。大于 100000 級的空氣凈化處理，應采用初效、中效過濾器二級過濾。

空氣過濾器的選用、布置方式符合下列要求：初效空氣過濾器不應選用浸油式過濾器;中效空氣過濾器且集中設置在凈化空氣調節系統的正壓段;或亞空氣過濾器宜設置在凈化空氣調節系統的末端。

下列情況的空氣凈化系統宜分開設置：單向流潔凈室與非單向流潔凈室;空氣凈化系統與中效空氣凈化系統;運行班次和使用時間不同的潔凈室。

下列情況的空氣凈化系統，如經處理仍不能避免交叉污染時， 則不應利用回風：固體物料的粉碎、稱量、配料、混合、制粒、壓片、包衣、灌裝等工序;固體口服制劑的顆粒、成品干燥設備所使用的凈化空氣;用有機溶媒精制的原料藥精制、 干燥工序;凡工藝過程中產生大量有害物質，揮發性氣體的生產工序。

對面積較大、空氣潔凈度較高，位置集中及消聲、振動控制要求嚴格的潔凈室宜采用集中式凈化空調系統：需要消毒滅菌的潔凈室，應設排風設施。潔凈室排風系統應有防倒灌措施。含有易燃、易爆物質局部排風系統應有防火、防爆措施。無塵車間內生產粉塵和有害氣體的工藝設備，應設單獨的局部除塵和排風裝置。

采用分散式凈化空調系統：換鞋室、 更衣室、 盥洗室、 以及廁所、淋浴室應設通風裝置，室內靜壓值應低于有空氣潔凈度要求的生產區。送風、回風和排風的啟閉應聯鎖。系統的開啟程序為先開送風機，再開回風機和排風機。系統關閉時聯鎖程序反之。非連續運行的潔凈室，可根據生產工藝要求設置值班風機，并保持室內空氣潔凈度和正壓，防止室內結露。事故排風裝置的控制開關應與凈化空調系統聯鎖，并設在潔凈室外便于操作的地點。室內宜設報警裝置。